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１については、カークさんからいただいた「ミツマタ」へのコメント
winosさん、kazooさんからいただいた「成分分析 on Web」へのコメントが
「最近のコメント」に反映されていません。
再構築を何度やってもだめですし、その他のコメントはちゃんと反映されているので
ひょっとして、データベースの移行中にいただいたコメントだった可能性もあります。
しかし、先ほどテストしてみましたが、このエントリーだけ反映されないみたいです。
原因不明ですね。
コメントとしてはそれぞれのエントリーにちゃんと記録されてます。
カークさん、winosさん、kazooさん、「最近のコメント」に反映されないでごめんなさい。

2については、まったく原因不明ですが、アップグレードの時にテンプレートのディレクトリなどが変わってしまったのかもしれません。時間を見つけて原因をみつけないといけません。